Для выполнения поставленных задач в структуре ФБУ Сибирский РЦСЭ Минюста России организованы и успешно функционируют, помимо административно-управленческого персонала, 6 отделов:
- отдел криминалистической экспертизы;
- отдел почерковедческой и технической экспертизы документов;
- отдел бухгалтерской и финансово-экономической экспертизы;
- отдел автотехнической экспертизы;
- отдел видеофонографической и компьютерно-технической экспертизы;
- отдел инженерно-технической экспертизы.
В экспертном составе состоят сотрудники, прошедшие специальную экспертную подготовку на базе Минюста России, успешно сдавшие соответствующие экзамены экспертно-квалификационной комиссии, имеющие огромный опыт работы.