Распоряжением Совета Министров СССР №21272-р от 30.12.1950 за подписью председателя И.В.Сталина Министерству юстиции СССР предписывалось организовать в городах Минске, Ташкенте, Алма-Ате, Риге, Казани, Ростове-на-Дону, Саратове, Свердловске, Хабаровске, Новосибирске научно-исследовательские криминалистические лаборатории для проведения экспертиз вещественных доказательств по делам, находящимся в производстве судебных и прокурорских органов.
В мае 1951 г. для создания такой лаборатории в Новосибирск был направлен выпускник и сотрудник кафедры криминалистики Свердловского юридического института Сергей Александрович Манкевич. Так была образована научно-исследовательская криминалистическая лаборатория (Новосибирская НИКЛ).
В период с 1951 г. по 1962 г. было изменено название Новосибирская НИКЛ на Новосибирская НИЛСЭ (основания не сохранились).
На основании Приказа Председателя юридической комиссии при Совете Министров РСФСР от 30 июня 1969 г. №76-Л Новосибирская научно-исследовательская лаборатория судебной экспертизы (Новосибирская НИЛСЭ), Новосибирское бюро судебно-бухгалтерской экспертизы и Томское бюро судебно-бухгалтерской экспертизы были объединены в Новосибирскую научно-исследовательскую криминалистическую лабораторию (Новосибирскую НИКЛ).
На основании Приказа Министерства юстиции РСФСР от 17 декабря 1971 г. № 1385 Новосибирская научно-исследовательская криминалистическая лаборатория (Новосибирская НИКЛ) была преобразована в Центральную Сибирскую научно-исследовательскую криминалистическую лабораторию (Центральная Сибирская НИКЛ).
На основании Постановления ЦК КПСС, Совета Министров СССР и ВЦСПС № 1058 от 24 декабря 1976 г. и приказа Министерства юстиции РСФСР № 50 от 12 декабря 1977 г. Центральная Сибирская научно-исследовательская криминалистическая лаборатория Министерства юстиции РСФСР (Центральная Сибирская НИКЛ) была реорганизована в Центральную Сибирскую научно-исследовательскую лабораторию судебной экспертизы Министерства юстиции РСФСР (Центральная Сибирская НИЛСЭ).
На основании Постановления Правительства Российской Федерации от 06 октября 1994 г. №1133 «О судебно-экспертных учреждениях системы Министерства юстиции Российской Федерации и приказа Министерства юстиции Российской Федерации № 19-01-7-95 от 17 января 1995 г. «Об учреждениях судебной экспертизы системы Министерства юстиции Российской Федерации» Центральная Сибирская научно-исследовательская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции РСФСР (Центральная Сибирская НИЛСЭ) была преобразована в Центральную Сибирскую лабораторию судебной экспертизы Министерства юстиции РФ (Центральная Сибирская ЛСЭ).
На основании Приказа Министерства юстиции Российской Федерации от 17.04.2001 № 125 Центральная Сибирская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции РФ (Центральная Сибирская ЛСЭ) была преобразована в государственное учреждение Сибирский региональный центр судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации (Сибирский РЦСЭ).
На основании Приказа Министерства юстиции Российской Федерации от 31.12.2010 № 417 изменен тип федерального государственного учреждения на федеральное бюджетное учреждение (ФБУ Сибирский РЦСЭ Минюста России).